Sejak penubuhannya, pentadbiran MASUM diuruskan secara bergilir-gilir (tidak tetap) di kalangan anggotanya di bawah Sekretariat Timbalan-Timbalan Naib Canselor/Timbalan Rektor IPTA.

       Pentadbiran MASUM kurang berkesan untuk mencapai hasrat Dasar Sukan Negara kerana tiada satu jabatan khusus yang mengurus MASUM.

SUSUR JALUR UNIVERSITI YANG MENJADI SEKRETARIAT MASUM

81/82/83         :           USM
83/84/85         :           UKM
85/86/87         :           UM
87/88/89         :           UPM
89/90/91         :           UTM, Skudai
91/92/93         :           UiTM
93/94/95         :           UUM
95/96/97         :           UM
97/98/99         :           UIAM
00/01/02         :           UPM
03/04/05         :           UNIMAS
05/06/07         :           UKM